We are not alone but together

「私たちは孤独ではなく、（他者と）共にいるんだ。」
となるかと思います。 together の訳出が若干しづらいですが、not A but B の場合 Bが筆者にとって大事なこと（伝えたいこと）であるので、私たちは誰か（家族でも、友人でも、もしくは全人類でも）と共にいるのだ、ということが訳出できていれば良いかと思います。
他者っていうと赤の他人っぽい表現にもとれるため、私なら（他者と）の部分は除きます。