You are だけだとどういう意味ですか？

これは「別に優しくしている訳じゃない。」に対して「いやいや、優しいよ」といった感じの返答です。「You are!」を「But you ARE nice！」と言っていると考えてください。声に出す場合はareを強調します。省略した表現でよく使います。相手を否定する場合は最初にbutをつけたり、最後にthoughをつけることが多いですが、ネイティヴだとyou areだけで何が言いたいのかは通じます。