You factor in the variables. の意味は？

何かを分析したり、計画したりするときに、「さまざまな可能性を考慮する」という意味です。例えば、「x=A だったら、y=B になる」のように、変数 (variable) である x の値によって、y の値が決定されるという場合に、x がどんな値になるのか、あらゆる可能性を考えた上で、分析したり、決断を下したりするというイメージです。