as以降の文法について

Things are not going as well as they should.

肯定文にして as well as のところを普通の表現になおすと、
Things are going well as they should.
こうすると、物事が as they should、つまりそれらが期待された通り（should）に運んでいる、という意味であることがわかります。

この否定文は、
Things are not going well as they should.
となりますが、こうすると、物事が as they should、つまりそれらが期待された通りに運んでいない、という意味であることがわかります。
この well という副詞について
as 副詞 as S + V という、主文が S + V のように 副詞 である、という比較の表現を使って、
Thing are not going as well as they should.
とすると、
物事がそれらが期待された「ほどには」うまく運んでいない、
という意味になり、ここから「思ったほど」という訳が出てきます。