回答
動詞 に s が付くのは、主語が三人称単数で、かつ時制が現在のときだけです。それ以外は付きません。
以下、参考にしてください。動詞 hurt は現在形も過去形も hurt ですので、注意してください。
(1)
My throat hurts.
喉が痛い。主語が三人称単数。現在のこと。
—> 動詞に s が付く。
(2)
My throat hurt.
喉が痛かった。主語が三人称単数。過去のこと。
—> 動詞に s は付かない。
(3)
My stomach and throat hurt.
胃と喉が痛い。主語が複数。現在のこと。
—> 動詞に s は付かない。
(4)
My stomach and throat hurt.
胃と喉が痛かった。主語が複数。過去のこと。
—> 動詞に s は付かない。
(3)と(4) は同じ文です。これは動詞 hurt が現在形も過去形も hurt だからです。現在なのか過去なのかは、その文脈や状況から判断できます。
英語の文には主語と動詞が必ずあって、主語が何かによって動詞がその影響を受けることがあります。
英語の文の主語は、立場と数を意識します。
立場としては、「私(発話する者)」と「あなた(語りかける対象、ひと、もの)」の関係が特別で、それ以外のものは「第三者」的な扱いとして区別します。
また、数としては、「あなた(語りかける対象、ひと、もの)」は数を問わずすべて「あなた」になりますが、私とあなた以外のもので「第三者」的なものが1つである場合に、それを区別します。
この立場と数の組み合わせで、第三者(わたしでもあなたでもないもの)の単数のものが主語になる時に、動詞となることばに「s」をつける決まりがあります。
My throat really hurts. という文の場合、主語となる部分は「my throat」で、動詞は「hurt」です。My throat hurt. なのですが、この主語である「のど」が、発話する私という存在でも、語りかけるあなたという存在でもなく、第三者の単数であることから、この動詞 hurt に s をつけて、hurts としているわけです。
My stomach and my throat really hurt. という文の場合、主語となる部分は「My stomach and my throat」で、動詞は hurt です(really は副詞というかざりです)。つまり、My stomach and my throat hurt. といっているわけですが、この主語になっていることが「胃とのど」という2つのこと=複数となっているので、発話する私という存在でも語りかけるあなたという存在でもなく第三者でありながらも、単数ではなく複数であることから、s はいらない、ということになります。
こうやって説明すると大変ややこしいですが、英語の文を読んだり書いたり、または話したり聞いたりされる時に、省略された表現でなければ、必ず文(主語と動詞がある)になっているはずですので、主語は何かな?数はどうかな?と意識して、第三者で単数(三人称単数)であれば現在形の動詞に s をつける、ということを習慣にするとよいと思います。