「船等を操縦する」の英訳 を英語に訳すと？

どのような大きさの船かどうかは知りませんが、steer は、原始的な小さな筏でも、現代の貨物船でも使えます。navigate は、観測機器などを使って方向を定めるような船にしか使えません。

これは自動車についても同じことが言えます。日本語で言う「ハンドル」は、英語で steering wheel です。運転手がハンドル操作することを steer と言います。それに対し「カーナビ」は、英語で Global Positioning System (GPS) という navigation system で、運転手が steer することを助けます。これと同じような感覚で、船の steer と navigate を理解すれば良いでしょう。