I’ll be waiting for you. はどういう意味になりますか？

質問者です。
詳しく教えて頂きありがとうございました。

そのまま「あなたをお待ちしております。」になります。返事を待っているという意味で受け取ってくれるとは思いますが（特にネイティブではない方が送った場合）、your response/replyを使った方が誤解はないですね。
変な意味にとらえる人はいないとは思いますが、もしかして直接会社まで来て欲しいのかな？と思ってしまう場合はあります。これは普段どういった取引ややり取りをしているかによって解釈が変わるので、お互いの会社に出向くようなことがない場合は普通に回答を待っているという意味にとってくれると思います。