It certainly is 〜とIt is certainly 〜

日本語にすると差がわかりにくいかもしれませんが、英語の文法的に見ると、

certainly は動詞 is にかかって「（客観的に見て）確かに」という確信を表す副詞ですが、

It certainly is a mystery. と言った場合、certainly は 主語で it について添えられています。

It is certainly a mystery. と言った場合、certainly は a mystery について添えられています。

つまり、
前者は（主語である何かが）確かに a mystery だ（ここでそれが a mystery 以外の何かであるという想定はない）と言っているのに対して、
後者は（主語である何かが）a mystery であることに間違いはない（それが a mystery 以外の何かである可能性もある場合で）と言っているようなニュアンスの違いが出ます。