こんにちは。
文法的にうまく差を説明できないのですが、ニュアンスの違いとしては、
I'm pleased to have you joining our team.
→これからあなたがチームにジョインしようとしている。
= I'm pleased that you are joining our team.
I'm pleased to have you join our team.
→あなたはもうチームにジョインしている。
= I'm pleased that you have joined our team.
という微妙な差があると思います。