intractable と refractory は類語で、どちらも疾患が改善しにくいという意味です。ニュアンスとしては、次のような違いがあります。
intractable
not easily relieved or cured
なかなか緩和しない、治りにくい
refractory
resistant to treatment or cure
治療に対して耐性がある
類語の細かい違いは、英語の辞典で調べるといいですよ。上記は、Merriam-Webster からの引用です。それと、例文を検索して比較することです。