「ウー氏は、図書館が何をしていたら良かったのにと思っているのですか。」
肯定文にするとどうなるかのご質問ですが、
Mr. Wu wishes that the library had (...)
の形です。しかし、何を図書館にして欲しかったのかが分からないので、文が完成しません。what を伴う疑問文を肯定文にするには、その what の問いに対する回答が必要です。what だけでなく、他の疑問詞 which, where, who, why, how も同様で、その問いに答えが出てから、肯定文が出来ます。