おかしくない？ 関係代名詞

おかしな文です。
どうしても what を使うのなら、２文にしましょう。

(1) "Shinto followers believe" を挿入句として、
A mikoshi is a small portable shrine. It is what Shinto followers believe holds a divine spirit.

(2) または、他の言葉を付け加えて、
A mikoshi is what a group of people carries in festivals. It is a small portable shrine that holds a divine spirit in Shinto (or Shintoism).

個人的には、what を使わずに、こう言います。
A mikoshi is a small portable shrine that holds a divine spirit in Shinto (or Shintoism).