意味の違い

ニュアンスの違いは下記の通りです。

When will you arrive?

「あなたは、いつ到着する予定ですか。」
または
「あなたは、いつ到着するつもりですか。」

When do you arrive?

「今時点の予定によると、あなたはいつ到着することになっていますか。」

文法的な説明は、未来形と現在形という以外は、不要ではないでしょうか。