次の文章 の意味は？

補足です。

> when the powers that be don't protect their own
この箇所の意味がイマイチよくわかりませんが、状況から推測して「誰も守ってくれないのに」というような意味だろうと考えました。

原文自体が少々雑な書き方になっており、修正すると次のようになります:
You shouldn't ever have to make a decision like this-but so damn impressive taking the high road when the powers that be don't protect their own. Major respect.

末尾の"Major respect"までのDeepL翻訳:
このような決断をするべきではありませんが、権力者が自分たちを守ってくれないときに、王道を行くのはとても素晴らしいことです。

DeepL翻訳を修正:
あなたがこのような決断しなければならなかったのは(非常に)残念なことですが、権力者達が自分を守ってくれない中で王道を行くのはとても素晴らしいことです。

注記:
「王道を行く」とは「正々堂々と信念を貫く」というような意味と考えればよろしいでしょう。