過去完了形とwhen節について

なるほど！
よくわかりました。ありがとうございます。

主文の完了形が「経験」の意味合いを表すときは、
副詞節にはそれまでの「期間」を表す時間の幅が必要となるため、時点が限定されるWhen節は使えず、
主文の完了形が「継続+進行」の意味合いを表すときは、
その「時点」までの継続性を表すため、
when節で「時点」の限定ができるということですね

とてもわかりやすく詳しい解説、
また「while 」に変えると正しい文章になるという
代替例も出してくださりありがとうございました。

① "When I was in Tokyo, I had seen that movie three times."
② "We had been playing baseball for about an hour when it started to rain very hard."
この２つの文章で過去完了(進行)形を使うか否かについての違いは
１では動詞が「経験」を表しているのに対し
２では動詞が「継続+進行」を表しているところです。

つまり、
１で使われる過去完了は、過去の１点とさらに過去（大過去）の１点の間の「期間」という時制で、
２で使われる過去完了(進行)は、大過去から過去に至ったその「時点」という時制です。

when節はある１つの「時点」に時を限定するので、
１が「期間（いつからいつまで）」を表す時制なので when節による「時点」の限定に合わないのに対し、
２が「時点（いつ、その時）」を表す時制なので when節「時点」の限定に合う、
ということになります。

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ちなみに、
① "When I was in Tokyo, I had seen that movie three times."
について、
カジュアルな会話などでは、この主文の過去完了を単なる過去として
"When I was in Tokyo, I saw that movie three times."
と言ってしまうことがあります。厳密に文法的には不合理かもしれませんが、話し言葉レベルでは通用します。
また、この文が when ではなく
"While I was in Tokyo, I had seen that movie three times."
と while（～の間）というふうに変えれば、期間を表す節になりますので、主文で期間を表す経験の過去完了形が使えます。