長いセンテンスの中の疑問形
以下の文章で...have they considered...という箇所はどう理解したらいいのでしょうか？
（「？」が省略されてるということでしょうか？they haveなどの言い方にすれば良いのでは？と思ってしまうのです）
Humans have lived alongside parrots for thousands of years, and only recently have they considered the possibility that we might be intelligent. - THE GREAT SILENCE ALLORA & CALZADILLA & TED CHIANG
よろしくお願いいたします。
回答
こんにちは。
英語で書き言葉の場合、節（主語と動詞の組み合わせである文の中にまた入っている主語と動詞の組み合わせ）などで時々このように動詞（または助動詞）と主語を入れ替えることをやります。
英語で普通文を疑問文にする際に、動詞（または助動詞）を主語の前に置く、と習うのですが、これは実は一種の強調です。それと同じことを節でやって、その節で言いたいことを強調させようという意図があります。
＜原文＞
Humans have lived alongside parrots for thousands of years, and only recently have they considered the possibility that we might be intelligent.
これを倒置を戻して言ってみます。
Humans have lived alongside parrots for thousands of years, and they have only recently considered the possibility that we might be intelligent.
つまり、原文では、only recently ということを強調したいので先に言って、その倒置に助動詞がくっついてきている、ということになります。
英語の文法書で「倒置法」というチャプターがあれば、目を通されてみるといろいろなケースが紹介されていると思います。