関係代名詞 what

what you say（現在形）
what you are saying（現在進行形）
この違いは、現在形か現在進行形かの違いです。

現在形は「現在」形と呼ばれていますが、これは「いま」というよりも、時間を特定しない一般的なことに使われることが多い時制です。
what you say と現在形で言う場合、「あなたが言うこと」という意味になり、それがいつのことかという特定がないことになります。

現在進行形はその名の通り「いままさに起こっていること」を表しますので、
what you are saying は「あなたが（今まさに）言っていること」という意味になります。

What you say doesn't seem to have any impact on this situation.
あなたの発言はこの状況に何ら影響を与えない。
あなたが何を言おうともこの状況は変わらない。

So, what you are saying is, you don't agree with this idea?
ということは、あなたが言いたいのは、このアイデアには賛成ではない、ということですか？
つまり、あなたはこのアイデアには賛成ではないと？