回答
In 2000, China's Population stood at 1.25 billion and this number rose steadily to where it is currently at just under 1.4 billion.
This number rose to where it is.
この it は前述の China's population を指しています。
つまり、この数字が China's population が現在あるところ(currently just under 1.4 billin) まで rise した、と言っています。
この where は関係副詞です。
I know where it is. とか言うのと同じ用法です。
where it is at(それがあるところ)というのは、ときどき使うフレーズなので、そのまま覚えてしまう方がいいように思います。文法的な説明は可能ですが、英語の学習の上で、あまり価値がありません。
折れ線グラフを想像してください。中国の人口がどんどん増えて、折れ線が右肩上がりになっています。今の14億弱に達する点、この点のことを where it is currently at と表現しています。
このように、具体的な場所でなくても、場所のようにイメージして、where を使います。
Where are you at in your project?
プロジェクトはどこまで進んでいますか。
日本語でも、「どこ」とか「ところ」など、場所を示す言葉を、場所でないことを指して表現することがありますよね。「成績がどこまで上がるか」、「このところ暖かい」、「未知の領域」とか。それと同じです。