a or the

この場合、自然な英語としては、
I think the most beautiful flowers are roses. だと思います。

the most beautiful flower と単数形で言う、ということは、それは沢山ある花の中でこの特定の一輪の花が、ということになります。

花の種類の中で一番、ということであれば、その種類の花は世界にたくさんありますので、バラという種類の花を指すのであれば、roses などと複数形を使うのが一般的です。

ちなみに、
I think the most beautiful flower is a rose. は、a rose と言っているところが、a という不特定の冠詞になっているので、どこにでもあるバラの中の1輪、ということになります。最も美しい花（単数なので世界に1輪しかない最高の）が、どこにでもあるバラの中の1輪だ、というのは矛盾しているので、意味がおかしくなります。

I think the most beautiful flower is the rose. は、the rose と言っているところが、ある特定のバラ1輪ということなので、世界にたくさんある花の中で、その特定の1輪のバラが世界で最も美しい、というのであれば、意味としては間違いではありませんが、それならば the rose を特定させる意味で主語にして、I think the rose is the most beautiful of all flowers. などと言うでしょう。