He made (a) mean face at her.
face は可算名詞なので、たぶん a か何かが抜けていると思います。
make a face (at someone) というと、誰かに向かって顔である表情を作る(まゆをひそめたり、舌を出したり、など)という意味ですので、
mean は、いじわるな、卑劣な、などという意味の形容詞です。
He made (a) mean face at her.
というと、彼は彼女に向かって意地悪な(卑劣な)表情を作ってみせた。
というような意味だと思います。