in whichはどこに入るの？

「どこに入るか」というご質問の意味がよくわかりませんが、"in which" 以下がどこにかかるか？という意味だったら、programs です。これを２つの文章に分けると、
1. Some students provide programs
2. Students take English communication lessons in the programs before leaving Japan.
になります。"before leaving Japan" はどちらの文章にかかっても意味が通るような気がします。